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南通市中医院始建于1956年，是首批“三级甲等中医院”和“全国示范中医院”之一、南京中医药大学南通附属医院。先后荣获“全国红旗单位”“全国医药卫生先进集体”“国家中医药管理局创先争优先进集体”等称号。
医院科室设置齐全，人才济济，设备先进，专科特色显著。共有一级临床科室21个，医技科室6个，二级临床科室12个，病区15个，编制床位1500张。医院现有职工1310人，具有高级职称者374人，硕博士277人。有全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师3人、国务院特贴专家4人、江苏省名中医8人、江苏省老中医药专家学术经验继承工作指导老师4人、南通市名中医27人，全国名老中医药专家学术经验继承人18人，江苏省名老中医药专家学术经验继承人10人，全国中医临床优秀人才10人，全国中药特色技术传承人才2人，全国中医护理骨干人才3人，江苏省中医药领军人才1人，江苏省“333”工程第三层次培养对象4人，江苏省中医临床优秀人才8人，南通市医学重点培养人才9人，青年医学人才15人。
建院以来，先后荣获科研成果奖近150项，其中“季德胜蛇药片”“拔核疗法治疗瘰疬”“新药金荞麦”为国家级成果。出版著作37部。
南通市中医院人正以“继承、创新、求实、奋进”的精神风貌，向着现代化中医院的目标迈进！
名医工作室：
国家级名医工作室（2个）：国医大师朱良春学术经验传承研究室、全国名老中医邵荣世传承工作室
江苏省名老中医药专家学术经验传承工作室（3个）：周光名老中医药专家学术经验传承工作室、倪毓生名老中医药专家学术经验传承工作室、瞿伟名老中医药专家学术经验传承工作室
重点专科/学科：
国家级中医重点专科（2个）：外科、脾胃病科
省级中医重点专科（5个）：脾胃病科、骨伤科、妇科、肾病科、肺病科
省级重点学科（2个）：中医外科、脾胃病科
省级中医重点专科建设单位（2个）：肛肠科（I类）、心血管科（Ⅱ类）
市级中医重点专科（15个）：骨伤科、儿科、肛肠科、消化内科、妇科、风湿病科、中医外科、心血管科、检验科、肺病科、肾内科、针灸科、肾外科、中医护理、老年病科（建设）
市级重点学科（5个）：风湿病科、中医消化科、呼吸科、肾病科、骨伤科、中医外科、妇科、检验科